Энн Бонни родилась 8 марта 1700 года в маленьком городке недалеко от Корка в Ирландии, где ее отец Уильям Кормак служил адвокатом. Когда девочке исполнилось пять лет, он отправился за океан в Южную Каролину, где стал владельцем большой плантации. Детство Анны прошло в богатом колониальном особняке со множеством слуг. Отец души не чаял в любимой дочери и не пожалел денег, чтобы дать ей хорошее образование.
Она считалась хорошей партией, и отец уже подыскивал ей выгодного жениха. Но она сделала его несчастным, выйдя тайно замуж за Джеймса Бонни, простого матроса, не имевшего в кармане ни одного пенни. Скрываясь от разгневанного отца, молодожены сели на корабль, отправлявшийся на остров Нью-Провиденс.
Прибыв на место, она быстро сошлась с богатым плантатором Чайлди Байярдом. Однако вскоре произошла безобразная история, в результате которой Энни оказалась замешанной в убийстве кузины губернатора Ямайки. Энн бросили в тюрьму, правда ненадолго. К счастью для нее, Байярд не поскупился на солидную взятку, чтобы вызволить ее оттуда. Вместе с ним Энн совершила несколько торговых поездок по Новому Свету.
Через некоторое время она стала тяготиться обществом Байярда. В мае 1719 года она познакомилась в одной из таверн с пиратом Джоном Рэкхемом, который начал оказывать ей постоянные знаки внимания. Энн переоделась в мужскую одежду и последовала за Рэкхэмом, который взял ее с собой в море.
Энн Бонни всегда сопровождала его и не раз доказывала Рэкхему, что никому не уступит в смелости и умении драться. Волею случая они захватили корабль, на котором плыла переодетая мужчиной Мэри Рид. Рид, за спиной которой была армейская подготовка, была единственным пассажиром, не сдавшимся пиратам и принявшим бой. После нескольких неудачных попыток справиться с Рид, ей предложили присоединиться к команде и она согласилась. С этого времени Бонни, Рид и Рэкхем пиратствовали втроем.
В октябре 1720 года Мери, Энн и Рэкхэм все же были пойманы капитаном Джонатаном Барнетом по приказу губернатора Ямайки Вудса Роджерса.
Когда Рэкхэм был приговорен к казни, ему разрешили в виде величайшей милости увидеться с Энн Бонни, но вместо утешения перед смертью она сказала своему другу, что он вызывает у нее негодование таким жалким видом:
Если бы ты дрался как мужчина, то тебя бы не повесили, как собаку!
Ее казнь все время откладывалась по причине беременности и, в конце концов, приговор так и не был приведен в исполнение. С этого момента история Энн Бонни исчезает из официальных записей. Существует несколько (абсолютно ничем не подкрепленных) предположений о ее дальнейшей судьбе. По одной из них она вновь связалась с пиратами и погибла в одной из абордажных схваток. По другой — была выкуплена своей богатой семьей. Согласно Оксфордскому словарю национальной биографии (англ. Oxford Dictionary of National Biography) представленные потомками Энн доказательства говорят о ее дальнейшей жизни следующее:
Ее отцу удалось добиться освобождения Энн Бонни из тюрьмы и вернуть ее обратно в Чарльстон, где она и родила второго ребенка Рэкхэма. 21 декабря 1721 года она вышла замуж за Джозефа Берли, с которым впоследствии у них было десять детей. Она умерла 22 апреля 1782 года в Южной Каролине почтенной женщиной в возрасте восьмидесяти двух лет и была похоронена 24 апреля того же года.
Если верить Забытым историям Южной Каролины (англ. Forgotten Tales of South Carolina) Шермана Кармайкла, Энн Бонни похоронена на кладбище Графства Йорк, в Виргинии.